Pembangunan dan Pengembangan Sistem Akuntabilitas Kinerja Instansi Pemerintah Online (E-SAKIP) telah melalui berbagai macam perubahan kebijakan dan kebutuhan yang selalu disesuaikan, sehingga menghasilkan beberapa versi aplikasi, dari versi pertama sampai dengan versi paling terakhir, berikut ini merupakan history perubahan dari setiap versi yang telah dikeluarkan :
- Versi 1.0
- Versi 1.1
- Versi 1.2
- Versi 1.3
- Versi 1.4
- Versi 1.5
- Versi 2.0